L'organisation administrative du D.O.M. a été gérée depuis 2002 par une association, union des clubs ou groupements pratiquant le D.O.M. : l'UNaDOM (Union Nationale pour le D.O.M.), association créée à la demande du CNOSF, agréée par l'État, et déclarée en préfecture.

Sur demande du CNOSF, suite à son désengagement pour le suivi des sports non olympiques, l'UNADOM a effectué de nombreuses démarches depuis 2012 en vue d'un rattachement dans une fédération affinitaire multisports.

La possibilité d'affiliation des clubs de Décathlon Olympique Moderne a été actée par la FSCF (Fédération Sportive et Culturelle de France) en 2012.

Depuis 2017, la Fédération Sportive et Culturelle de France a pris en partie le relais et intégré le Décathlon Moderne parmi les activités qu'elle pratique. Elle a déclaré le DOM, activité sportive d'intérêt national, et confié à sa ligue régionale d'Ile de de France la mission de faire connaître cette activité, nouvelle dans la fédération, et de la développer, en s'appuyant sur les structures existantes, l'UNADOM et le club de Rambouillet Olympique, notamment.

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L'UNaDOM avec la FSCF sont chargés de faire vivre le D.O.M. au quotidien ; elles reçoivent les affiliations, délivrent les cartes d'adhésion et licences et soutiennent ou impulsent les actions "sur le terrain".